Modèles et simulateurs

PhysioDemoGenetics

Le modèle Physio-Démo-Génétique (dénommé PDG) est un modèle de simulation mécanistique spatialement explicite, basé sur l'individu, couplant (1) un module physiologique simulant les réponses individuelles des arbres à l'environnement (modèle CASTANEA, Dufrêne et al. (2) un module démographique simulant la survie des arbres, la reproduction et la dispersion du pollen et des graines; et (3) un module de génétique quantitative contrôlant l'héritabilité des traits clés de l'histoire de vie (mis en œuvre dans la bibliothèque CAPSIS Genetics, Seinave & Pichot 2004). Le modèle PDG a été utilisé pour étudier les composantes plastiques et génétiques des variations du moment du débourrement le long d'un gradient altitudinal de Fagus sylvatica (le hêtre européen), dans la publication de référence de PDG (Oddou-Muratorio & Davi 2014).

Site Web : http://capsis.cirad.fr/capsis/help_en/physiodemogenetics

Metapop

Metapop est un modèle qui simule l'évolution de populations d'espèces sessiles monoïques. Il reproduit les principaux processus évolutifs (migration, sélection, flux de gènes, flux de graines, mutation etc..) qui accompagnent l’histoire d’une espèce. Le modèle est individu centré, génétiquement et spatialement explicite. Metapop permet de suivre des individus et des populations dans un paysage hétérogène constitué de multiples populations connectés par des flux de gènes. Ce suivi porte essentiellement sur les propriétés corrélées à la valeur adaptative d’un individu (fitness, traits adaptatifs, génotype, valeur génétique).

Pour plus d'information : https://quercusportal.pierroton.inra.fr/metapop/metapop-user-documentation.pdf

Site Web : https://quercusportal.pierroton.inra.fr/index.php?p=METAPOP

Luberon2 est un modèle démo-génétique pour simuler la croissance, la résilience et l’évolution de peuplements forestiers mono-spécifiques (Cèdre, Douglas, Sapin, Epicéa, Mélèze), selon différents scénarios d’itinéraires sylvicoles, de régimes de perturbations et de diversité génétique. Luberon2 intègre les processus de croissance, survie, dispersion du pollen et des graines, reproduction sexuée. La variabilité génétique adaptative porte sur les caractères de vigueur et de sensibilités aux perturbations. Les perturbations sont simulées par leurs régimes d’impacts sur la croissance et la survie : actuellement les régimes d’impacts de la sécheresse et d’une mortalité diffuse densité-dépendante sont implémentés. Luberon2 dispose d’une interface graphique conviviale pour des présentations grand public, des sessions d’enseignement ou de formation professionnelle, et peut être utilisé en mode script pour réaliser des plans de simulations complexes en recherche. 

Le modèle est accessible sur demande ; un accompagnement à l’utilisation est proposé.
 

Plus d’informations sur le modèle, manuel d’utilisation et publications de référence sur la plateforme Capsis https://capsis.cirad.fr/capsis/help_en/luberon2